Para dificultar aún más el proceso, se aplica al texto original una serie de sustituciones y permutaciones sucesivas.
Durante la segunda guerra mundial, los ejércitos combatientes utilizaron unas máquinas, precursoras de los ordenadores, que realizaban complejos procesos de sustitución y permutación. Es bien conocido el caso de la máquina “Enigma” que utilizó el ejército alemán sin darse cuenta que los aliados eran capaces de descifrar todos sus mensajes.
Los protocolos de encriptación modernos utilizan también en alguna fase claves simétricas mixtas. El algoritmo DES, actualmente utilizado en cajeros automáticos, o IDEA, utilizado en el protocolo PGP, son sistemas de generación de claves simétricas mixtas y múltiples.
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